فلورومیکروبی روده:
هدف اصلی از خوراندن پروبیوتیک ها به اسب ایجاد تعادل فلورمیکروبی روده است که نتیجه ی آن افزایش سلامت اسب می باشد. 
از طرف دیگر متخصصین تغذیه با خوراندن پروبیوتیک، انتظار افزایش هضم مواد مغذی و کاهش اختلالات گوارشی مثل کولیک و اسهال را دارند. این در حالی است که پروبیوتیک ها همانند آنتی بیوتیک طبیعی برای اسب هم نقش بازی می کنند.
دستگاه گوارش اسب مامن جمعيت باکتریایی یا پروتوزوآها و قارچ ها می¬باشد که با عنوان فلورمیکروبی شناخته می شود. در هر گرم از مایع هضمی در حدود پنج بیلیون میکروارگانیسم وجود دارد . این میکروارگانیسم های ریز در فعالیت های روزمره فعالیت دارند و موادی را مصرف می کنند و آن ها را به مواد حد واسط تبدیل کرده كه دوباره در نهايت به مواد مغذی نهایی تبدیل می شوند. اجتماع میکروارگانسیم¬ها به همراه مواد مغذی در کنار هم مخلوطی را به نام سیمبیوتیک را تشکیل می¬دهد. 
ترشحات واسط، متابولیت ها نام دارند که توسط یک میکروارگانیسم تولید می شود و به مصرف میکروارگانیسم دیگری ممکن است برسد و توسط آن، ماده ی نهايي¬اي تولید می شود که به عنوان ماده مغذی مورد نیاز و مورد استفاده ی اسب؛ است. برای مثال مولکول های پیچیده¬ی نشاسته و سلولز نمی توانند مستقیما توسط روده اسب جذب شوند و باید نخست توسط فلورمیکروبی به ترکیباتی تبدیل شوند که بتوانند توسط اسب مورد استفاده قرار گیرند.
فلورمیکروبی علاوه بر تولید بسیاری از ویتامین¬ها، اسید¬های آمینه و مواد مغذی دیگری که اسب به آن ها برای حیاتش احتیاج دارد، به تخریب باکتری های مضر مثل سالمونلا و ایشرشیاکلای کمک می کند و آنها را تحت کنترل درمی آورد. روش¬هایی که فلورمیکروبی برای این منظور به کار می گیرند شامل کنترل دیواره¬ی دستگاه گوارش از طريق  اتصال به اپیتلیوم و بستن فضاهایی که ممکن است با مهاجمان اشغال شود، است. همچنین بعضی از باکتری¬ها اسید لاکتیک تولید می¬کنند که با تولید اسید محیط را به ترتیب  برای  رشد باکتری¬های مفید و پاتوژنیک مساعد و نامساعد  می¬کند. 
حفظ تعادل فلورمیکروبی روده:
میکروفلور روده¬ای در بازه¬ی ثابتی از  pHفعالیت می¬کنند. برای مثال اسبی که اغلب علوفه ی خشک دریافت می¬کند اگر  به صورت ناگهانی علوفه مرتعی در دسترسش قرار گیرد ، ارگانیسم هايي که در کنار خوراک قبلی افزایش یافته¬اند یک¬مرتبه با کاهش جمعیت روبه رو می شوند. بیشتر مواقع این افزایش و کاهش میکروارگانیسم ها بی اثر بوده و تحت تأثیر فعالیت خود تنظیمی قرار می گیرد. اما گاهی تغییر به جهتی می رود که برای میزبان میکروارگانیسم ها یعنی اسب بسیار خطرناک است. مثال واضح این حالت زمانی است که اسب  به سراغ انبار خوراک رفته و مقدار زیادی دانه¬ی غلات مثل جو می خورد و در نتیجه مقدار زیادی نشاسته یک¬مرتبه برای هضم وارد معده و روده کوچک آن می شود و سپس به روده بزرگ می رسد. بر اثر این حادثه، جمعیت میکروارکانیسم های خاصی اضافه شده که در نتیجه اسید لاکتیک زیادی ترشح می شود و pH را پایین می آورد و باکتری های مفید را از بین می برد و  ناهنجارهایی  تغذیه¬ای مثل لامینایتیس را ایجاد می نماید.
عوامل دیگری نیز وجود دارد که سطح میکروب ها را در دستگاه گوارش تغییر می دهد. هر چیزی که pH را تغییر دهد باعث اختلال  حرکت رودهاي  یا  تغییر سطح مایعات می شود که نتیجه نهایی همگی آنها بهم ریختن تعادل میکروبی دستگاه گوارش است.
علاوه بر تغییر ناگهانی جیره ، عواملي که سطح میکروفلور را مختل می کند خوراندن آنتی بیوتیک ها ، کم آبی بدن ، تب و آلوده شدن خوراک به باکتری ها و یا مواد آلوده کننده ی دیگری می باشد.
استرس مرتبط با جابه جایی اسب یا مسابقه هم فلورمیکروبی را در جهت نامناسب تغییر می دهد. قرار گرفتن اسب در اسبکش و جابه جایی در مسیر از جمله فعالیت هایی است که نظم زندگی روزمره اسب را به هم می زند ؛ چرا که اسب به اندازه كافي نمی تواند در راه آب بخورد و یا از علوفه ی جدید و متفاوتی نسبت به آنچه همیشه اخذ می کند، تغذیه می¬کند. اسب بر اثر استرس و فشار جابه¬جایی، سطح هورمون¬های بدن، دمای بدن اسب، پاسخ به سیستم ایمنی، ضربان قلب و دیگر فعالیت¬های آن مختل می¬شود . نتیجه¬ی نهایی این حالت کاهش جمعیت باکتریایی مفید می باشد. سپس اسب شروع به صرف انرژی برای به فعالیت در آوردن سیستم خود تنظیمی می¬کند و بنابراین خود با کمبود انرژی مواجه می شود. در نتیجه عملکرد ورزشی و وزن گیری اسب را کاهش می¬دهد و ناراحتی های دستگاه گوارش را ایجاد می کند.
یکی از هدف های اضافه کردن پروبیوتیک به جیره ی اسب اضافه کردن ارگانیسم ها به منظور تشکیل جمعيت جدید و متعادل کردن جمعیت باکتریایی مفید می باشد . تصور بر این است که با کمک به بازیابی سریع جمعیت باکتری های مفید ، پروبیوتیک می تواند پتانسیل های موجود باکتری های مضر را از بین ببرد.